Esas son unas consecuencias de la pastilla. Puede causar esos efectos como irregularidades en la menstruacion y algunos cambios hormonales. Debes consultarlo con un medico o leer un poco mas sobre los efectos de la pastilla que tomaron.
Tienen que ir a un medico, en su caso a un Ginecologo. Es el unico que puede diagnosticar el problema de tu pareja. Por mas que pidas opiniones ni un doctor te podria dar un buen diagnostico solo con lo que has escrito. Saludos.